很快，清华大学的科研人员联系上了隧道的建设方国投集团雅砻江流域水电开发有限公司，希望和他们一起在隧道正中间，利用锦屏山隧道特殊的地理条件，降低宇宙射线通量，联合建设中国锦屏地下实验室。然而，在有着2400米岩石埋深的隧道中建设地下实验室，远比想象的要困难得多。
这个实验室是从隧道的侧面开挖出来的，包括地下实验室入口隧道、连接隧道和主实验厅三部分，空间容积约为4000m³，其中主实验厅并不大，长40m，宽6.5m，高7.5m。在实验室里，可以看到各种神秘的科研设备，用来探测宇宙中可能存在，却又不可见的东西——暗物质。
物理学家分析，在宇宙中，我们所了解的物质和能量可能只占到已知宇宙的5%，更多的或许是那些看不见摸不着的暗物质、暗能量。针对暗物质的研究，对于前沿科学研究意义重大，如果能探测到暗物质，将为人类认识宇宙带来革命性的突破。
上海交通大学教授、暗物质探测专家韩柯：18世纪没有电的时候，当时的人们完全无法想象今天电在我们生活中无处不在。我们今天研究暗物质，搞清楚暗物质的本源，期望未来暗物质会影响我们生活的方方面面，带给我们像电一样，甚至比电更加深刻的变化。
由于暗物质很难探测到，需要排除宇宙中各种射线的干扰，只有在极深的地下才有可能直接探测到，因此世界各国科研人员多年来一直在寻找具备深地条件的地下实验室。十多年来，在大山深处，清华大学和上海交大的科研人员从零开始，边探索边创新。他们当中有五六十岁的教授，也有95后的新生力量。在他们的努力下，探测技术不断得到发展并开始产业化，目前部分技术已经运用在了核能核电等重要领域。
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